L'ISAE s'est constamment doté d'équipements scientifiques permettant la mise en œuvre de technologies innovantes et performantes. C'est ce qui contribue aujourd'hui à la réactivité de l'ISAE dans le traitement des demandes, à la fiabilité de ses analyses ainsi qu'à sa capacité à développer de nouvelles méthodes d'analyses.
L'ISAE dispose notamment :
- d'automates de traitement des échantillons sanguins,
- d'équipements de diagnostic en biologie moléculaire,
- d'automates d'identification et de dénombrement des bactéries,
- d'automates d'analyse des eaux résiduaires,
- d'équipements pour les techniques chromatographiques et spectroscopiques couplées à des spectres de masse (analyse des médicaments vétérinaires, métaux traces...)
- etc.
Par ailleurs, il dispose de locaux spécialisés : locaux de niveau de sécurité biologique de type 3 pour la manipulation des virus, animalerie, salles blanches (stériles) pour la production d'auto-vaccins...